Pour l'exercice de ses attributions, le ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche a autorité sur la direction générale pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle, sur la direction générale de la recherche et de l'innovation, sur l'inspection générale des bibliothèques et sur le bureau du cabinet.

Il a autorité, conjointement avec le ministre de l'éducation nationale, sur le secrétariat général mentionné à l'article 1er du décret du 17 mai 2006 susvisé, sur l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale et de la recherche ainsi que sur le médiateur de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur, sur le haut fonctionnaire de défense et de sécurité et sur la mission ministérielle d'audit interne.

Pour l'exercice de ses attributions, il dispose en tant que de besoin de la direction générale de l'enseignement scolaire.

Il peut faire appel à l'inspection générale de l'éducation nationale, à la direction générale des médias et des industries culturelles et au secrétariat général pour la modernisation de l'action publique.