Le transport s'effectue normalement par voie ferroviaire ou, à défaut de desserte ferroviaire, par le transport public de voyageurs le moins onéreux.
La prise en charge des frais de transport par voie ferroviaire est effectuée sur la base du tarif de la classe la plus économique.
Par dérogation au premier alinéa, le transport par voie ferroviaire en 1re classe peut être autorisé par le chef de service dans les conditions suivantes, lorsque :

- l'urgence de la mission justifie le départ à une date et une heure précises et en cas d'indisponibilité de billet de 2e classe ;
- le déplacement s'effectue en présence d'un ministre, d'un parlementaire ou conjointement avec un agent d'une autre administration publique bénéficiant de la 1re classe ;
- les conditions tarifaires sont moins onéreuses qu'en 2e classe.

Les titulaires d'une carte de réduction sont tenus d'en faire état lors de la préparation de la mission. La carte de réduction peut faire l'objet d'un remboursement dès lors que son acquisition est économiquement justifiée, dans le cadre des missions effectuées pour l'administration.