Le secrétariat général assure la coordination du traitement des sujets qui concernent l'ensemble de l'agence, sans préjudice des compétences des directions de participations et des pôles d'expertise. Il est chargé des relations de l'agence avec les organismes extérieurs et les corps de contrôle, de la gestion budgétaire du compte d'affectation spéciale retraçant les opérations liées aux participations financières de l'Etat ; il assure le suivi du portefeuille de titres de ces participations. Il assure le fonctionnement de l'agence et prépare les marchés passés par son directeur général.