L'inspection sanitaire vétérinaire en abattoir de volailles et de lagomorphes peut se décomposer en trois missions qui déterminent les indicateurs de suivi et de réalisation à mettre en œuvre :

- mission ISV 1 : détection des problèmes sanitaires d'impact en santé publique : sécurité du consommateur, repérage des maladies animales, notamment réglementées, respect de la bientraitance des animaux ;

- mission ISV 2 : gestion au niveau des abattoirs des problèmes sanitaires d'impact en santé publique : réalisation du retrait des carcasses manifestement impropres à la consommation, mise en œuvre de la conduite adaptée en fonction de la suspicion de maladies à gestion particulière, en fonction de la détection de critères d'alerte à l'une des étapes de l'inspection, mise en œuvre de la conduite adaptée du fait de la surveillance de la bientraitance animale, mise en œuvre de la conduite adaptée à la gestion des sous-produits animaux ;

- mission ISV 3 : remontée vers la production primaire des informations d'intérêt sanitaire pour l'amélioration de la santé animale et de la bientraitance en élevage.