Les fonctions d'agent comptable de la caisse de retraites sont assurées par l'agent comptable de l'Opéra national de Paris. A ce titre, il est placé sous l'autorité administrative du directeur et perçoit exclusivement une indemnité de maniement de fonds.

L'agent comptable est chargé, sous le contrôle du conseil d'administration de l'ensemble des opérations financières et comptables de la caisse. Il peut se faire assister par un fondé de pouvoir qu'il choisit parmi le personnel de la caisse et qui est agréé par le conseil d'administration.