Le ministre chargé des transports peut à tout moment se faire communiquer par le directeur général tous documents, pièces ou archives. Il peut porter à la connaissance du directeur général toute information qu'il juge utile.

Si le ministre chargé des transports estime qu'une décision du directeur général intéressant la sécurité ou l'interopérabilité des transports ferroviaires sur le réseau qui relève de la compétence de l'établissement comporte une menace grave pour l'ordre public ou la continuité du service public, il peut demander au directeur général un réexamen de sa décision. Après avoir procédé à ce réexamen, le directeur général informe le ministre, sous forme écrite et motivée, de sa décision soit de confirmer, soit de retirer ou soit de réformer sa première décision.