Dans chaque région, les travaux d'entretien et de conservation des monuments nationaux réalisés par les services de l'Etat et les aménagements immobiliers réalisés dans ces monuments par l'établissement sont soumis chaque année à un comité de programmation présidé par le préfet de région.

Le président de l'établissement et les administrateurs des monuments situés dans la région sont membres de ce comité, qui associe en tant que de besoin les maîtres d'oeuvre compétents.