L'Autorité des marchés financiers dépose ses fonds au Trésor. Elle peut également ouvrir des comptes auprès d'un établissement de crédit ou d'un établissement mentionné à l'article L. 518-1 du code monétaire et financier. Des comptes bancaires à l'étranger peuvent être ouverts sur autorisation du collège. Les fonds de l'Autorité des marchés financiers peuvent donner lieu à rémunération et faire l'objet de placements selon les conditions générales définies par le collège.