Chaque site d'implantation de la pharmacie de l'agence doit comporter des locaux, des moyens en personnels, des moyens en équipements et un système d'information adaptés aux missions qui lui sont confiées.

Ces locaux doivent être d'accès aisé pour faciliter la livraison et la réception des produits ainsi que leur bonne conservation. Leur aménagement et leurs équipements doivent permettre une délivrance rapide desdits produits. Leur organisation doit permettre d'assurer le suivi et, s'il y a lieu, le retrait des médicaments et des dispositifs médicaux qui y sont détenus de même que leur sécurité et celle du personnel concerné.

Sur chacun de ses sites d'implantation, la pharmacie doit disposer d'un local permettant d'assurer l'isolement des médicaments et dispositifs médicaux lorsque leur livraison a lieu exceptionnellement en dehors de ses heures d'ouverture.