La commission d'indemnisation se prononce sur les demandes d'indemnisation des victimes de contamination et sur l'opportunité d'engager les actions au titre de la subrogation du fonds dans les droits des victimes indemnisées. Elle décide également de l'opportunité d'intervenir devant les juridictions répressives en cas de constitution de partie civile contre les responsables du préjudice lorsque le dommage est imputable à une faute.

La commission adopte un règlement intérieur qui précise les modalités de la procédure d'indemnisation en complément des dispositions légales et réglementaires.