Le conseil de direction se réunit sur convocation de son président au moins trois fois par an. La convocation du conseil est de droit si elle est demandée par la moitié des membres en exercice ou par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture. Le directeur, le contrôleur d'Etat et l'agent comptable assistent de droit aux séances.

Le conseil de direction donne son avis sur les projets de décision préparés par le directeur et nécessaires à l'accomplissement des missions de l'office.

Il est plus particulièrement chargé de suivre l'évolution de la situation des marchés et de contribuer à l'orientation des productions et à l'organisation de la filière, conformément à la politique commune des pêches et aux orientations fixées par le Gouvernement. Il reçoit communication des avis donnés par le Conseil supérieur d'orientation des politiques halieutique, aquacole et halio-alimentaire.

Il est régulièrement informé par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture des travaux des instances communautaires relatifs à l'élaboration et à l'application de la politique commune des pêches.