La sous-direction de la navigation maritime détermine les orientations générales en matière de signalisation maritime et autres dispositifs d'aide à la navigation, ainsi qu'en matière de signalisation fluviale des voies de navigation intérieures, des lacs et des plans d'eau. Elle établit les plans et programmes d'équipement et d'entretien des installations correspondantes et en suit l'exécution. Elle définit les conditions d'exploitation de ces installations. Elle participe à la gestion des personnels spécifiques dans les conditions définies avec les services chargés du personnel.

Elle assure le secrétariat de la commission des phares.

Elle a la charge de la réglementation et de la surveillance de la circulation maritime.

Elle exerce la tutelle du pilotage maritime.

Elle met en oeuvre l'organisation du sauvetage maritime dans le cadre des attributions du département ministériel chargé de la mer.