La sous-direction des affaires économiques et financières a pour mission d'exercer les responsabilités de l'Etat en ce qui concerne les orientations générales de la politique portuaire.

Elle établit les plans et programmes d'équipement et d'entretien des ports maritimes d'Etat et en suit l'exécution ; elle procède à cet effet à toutes études économiques et financières nécessaires.

Elle assure le contrôle économique et financier des ports autonomes et des concessions d'outillage public dans les ports maritimes d'Etat.

Elle assure les liaisons avec les organismes et professions qui concourent à l'exploitation des ports, suit les questions relatives à la politique commerciale des ports et, plus généralement, toutes questions concernant la compétitivité de la filière portuaire nationale.

Elle assure le secrétariat du Conseil national des communautés portuaires.

Elle définit et recueille les informations statistiques concernant les ports maritimes et en assure le traitement et la publication.