Le secrétaire général du comité interministériel fixe l'ordre du jour des réunions en accord avec les ministres chargés de la recherche et de l'industrie. Il convoque aux réunions du comité interministériel, prépare ses travaux, établit les relevés de ses décisions et veille à leur mise en oeuvre. Il prend, en accord avec les administrations concernées, les décisions relatives au soutien et au financement publics des projets retenus au titre d'Eurêka et les notifie aux administrations et aux organismes gestionnaires de procédures. Il recense les enveloppes prévisionnelles établies en vue du financement de ces projets et tient le comité interministériel informé de l'utilisation des crédits.

Il représente l'ensemble des parties françaises intéressées au programme Eurêka et conduit la délégation française au sein du " groupe de haut niveau " qui prépare les décisions de la conférence ministérielle Eurêka.