Le chef de la comptabilité générale, agent comptable, est chargé de la perception des recettes, du payement des mandats émis par le directeur général, de la caisse et du portefeuille. Il veille à la conservation des droits et à la rentrée des revenus, créances et autres ressources de l'établissement. Il prend en charge les titres de recettes qui lui sont remis par le directeur général. Il procède à l'encaissement amiable des créances à recouvrer. En cas d'échec, il en rend compte au directeur général, qui fait donner force exécutoire aux titres de recettes dans les conditions prévues à l'article 2 du décret du 30 octobre 1935, tendant à améliorer et à faciliter le fonctionnement du service du contentieux et de l'agence judiciaire du Trésor.

L'agent comptable ne peut surseoir aux poursuites que sur un ordre écrit du directeur général dont le comité administratif doit avoir connaissance à sa plus prochaine séance.