La formation en une année se déroule, en alternance, à l'Ecole nationale de la santé publique et dans l'académie où est nommé le médecin stagiaire. Une convention entre le ministre chargé de l'éducation nationale et le directeur de l'Ecole nationale de la santé publique détermine le contenu et les modalités d'organisation de la formation.

Cette formation s'effectue sous la responsabilité pédagogique du directeur de l'Ecole nationale de la santé publique et d'un maître de stage désigné par le recteur d'académie après avis du directeur de l'Ecole nationale de la santé publique.

A l'issue du cycle de formation, le directeur de l'Ecole nationale de la santé publique établit un rapport d'évaluation de cette formation prenant en compte l'avis du maître de stage.

Ce rapport est pris en compte pour l'établissement de la proposition de titularisation du médecin stagiaire.