La commission interministérielle de coordination des contrôles portant sur les opérations cofinancées par les fonds structurels européens exerce les mêmes pouvoirs de contrôle que ceux prévus au I de l'article 43 de la loi n° 96-314 du 12 avril 1996 portant diverses dispositions d'ordre économique et financier à l'égard des autorités de gestion et de paiement, notamment les collectivités territoriales, des personnes morales ou physiques qui bénéficient des fonds structurels européens et qui mettent en oeuvre des opérations inscrites dans les programmes bénéficiant de ces fonds ainsi que des organismes par lesquels ont transité ces concours.

Ces contrôles sont effectués par les membres de la commission interministérielle de coordination des contrôles et, pour le compte de cette dernière, par l'inspection générale des finances, l'inspection générale de l'administration, l'inspection générale des affaires sociales ou l'inspection générale de l'agriculture représentées en son sein.

Le fait de faire obstacle aux contrôles de la commission interministérielle de coordination des contrôles est passible des sanctions prévues au III de l'article 43 de la loi n° 96-314 du 12 avril 1996 précitée.