Les ressources du fonds mahorais de développement proviennent des crédits ouverts chaque année aux budgets du ministère chargé de l'outre-mer et de la collectivité départementale de Mayotte. Le fonds peut également recevoir d'autres concours publics, notamment de la Communauté européenne, lui permettant d'accroître le volume de ses interventions de soutien au développement des activités économiques et des emplois à Mayotte.

Le fonds mahorais de développement peut verser au groupement d'intérêt public (GIP) prévu à l'article 44 de la loi du 11 juillet 2001 susvisé des dotations financières d'installation et de financement de ses actions. Ces dotations ont la nature de dépenses de fonctionnement.

Les dépenses du fonds mahorais de développement relatives aux opérations d'investissement contribuant au développement de Mayotte correspondent aux actions suivantes :
- financement de travaux d'aménagement et d'équipement de zones d'activité ;
- financement de projets privés d'investissement contribuant à l'aménagement et au développement durable du territoire ;
- aides directes à l'équipement et à l'investissement matériel et immatériel pour la modernisation et le développement des entreprises ;
- actions d'appui et d'accompagnement à la création d'entreprise ;
- dotation des outils d'ingénierie financière, notamment de garantie, de participation, de bonification d'intérêts et de prêts d'honneurs répondant aux besoins de développement des entreprises locales de tous les secteurs, et en particulier des plus petites.

Un conseil d'orientation présidé par le préfet détermine chaque année les priorités d'utilisation des ressources disponibles du fonds de développement et arrête leur ventilation, notamment entre les aides aux entreprises et les subventions aux projets publics et privés d'aménagement et de développement du territoire.
Le conseil est composé de représentants de l'Etat, des collectivités locales, et de socioprofessionnels ainsi que du directeur de l'Agence française de développement (AFD). Il comprend :
Pour l'Etat :
- le préfet ou son représentant ;
- le directeur de l'équipement ;
- le directeur de l'agriculture, de la forêt et de la pêche ;
- le représentant local du Centre national pour l'aménagement des structures et des exploitations agricoles (CNASEA) ;
- le trésorier-payeur général ;
- le directeur des douanes.
Pour les collectivités :
- le président de la collectivité départementale et deux élus de la commission permanente ;
- deux représentants de l'Association des maires ;
- le conseiller économique et social de Mayotte.
Pour les socioprofessionnels :
- le président de la chambre professionnelle et chaque président de section, puis, à mesure de leur transformation en compagnie de plein exercice, le président de chaque chambre ;
- le directeur de la Société pour le financement et le développement de la Réunion (SOFIDER) ;
- un représentant des banques de la place.

Le comité de gestion du fonds procède à la sélection des projets. Il donne un avis sur l'octroi des aides financières. Cet avis est transmis au préfet pour décision.
Le comité est présidé par le préfet et composé comme suit :
- trois représentants de la collectivité départementale ;
- le président de l'Association des maires ;
- le directeur de l'équipement ;
- le directeur de l'agriculture, de la forêt et de la pêche ;
- le directeur des douanes ;
- le directeur du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle ;
- le délégué à l'environnement ;
- le chef du service des affaires maritimes ;
- le directeur de l'Agence française de développement ;
- le directeur de l'agence de développement de Mayotte.
Le secrétariat du comité de gestion est assuré par la direction de l'aménagement et du développement de la préfecture de Mayotte.
L'Agence française de développement donne un avis technique et financier sur les dossiers qui sont présentés au comité de gestion.

Le préfet de Mayotte est ordonnateur des dépenses du fonds financées par des crédits inscrits au budget de l'Etat. Ces crédits sont versés dans le cadre d'une convention qui est signée entre le préfet et le bénéficiaire des fonds, et qui définit l'objet, le montant et les conditions d'utilisation de la subvention attribuée.
Le préfet rend compte des modalités d'utilisation des dépenses du fonds et établit chaque année un rapport de réalisation et de suivi des résultats des projets aidés. Ce rapport est transmis au ministre chargé de l'outre-mer comme contribution au rapport annuel sur le développement de Mayotte prévu par le troisième alinéa de l'article 43 de la loi du 11 juillet 2001 susvisé.

Le ministre de l'intérieur, de la sécurité intérieure et des libertés locales, le ministre des affaires sociales, du travail et de la solidarité, le ministre de l'économie, des finances et de l'industrie, le ministre de l'équipement, des transports, du logement, du tourisme et de la mer, le ministre de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche et des affaires rurales, la ministre de l'outre-mer et le ministre délégué aux libertés locales sont chargés, chacun en ce qui le concerne, de l'exécution du présent décret, qui sera publié au Journal officiel de la République française.