La documentation scientifique constituée au cours d'une opération d'archéologie préventive se compose des catégories suivantes :
- documents graphiques (plans, relevés, minutes, dessins) ;
- documents photographiques et audiovisuels ;
- documents numériques ;
- documents écrits (carnets et fiches d'enregistrement de terrain, correspondance, rapports d'étude) ;
- moulages et empreintes ;
- matériaux naturels et de nature biologique recueillis lors de l'opération.
Cette documentation, constituée des originaux pour les documents graphiques, photographiques et écrits, est classée, indexée et inventoriée.
A l'intérieur des catégories définies, les documents sont classés par grands types selon leur support ou mode de conditionnement. Chaque document est référencé par un code identifiant unique le rapportant à l'opération, porté sur le document de manière lisible et indélébile. Les documents sont conditionnés dans des contenants standards en garantissant la bonne conservation (classeurs, boîtes d'archives, cartons à dessin, rouleaux).
Les matériaux naturels et de nature biologique sont classés et conditionnés par type de matière et identifiés de la même manière que le mobilier archéologique. Mention est apposée de leur destination : analyse ou conservation à long terme. Pour les matières périssables destinées à l'analyse, une date de validité est portée sur les conteneurs.