Le commissariat au numérique de défense est dirigé par le commissaire au numérique de défense. Ses orientations stratégiques sont fixées par une instance présidée par le ministre de la défense à laquelle participent le chef d'état-major des armées, le délégué général pour l'armement et le secrétaire général pour l'administration, et dont le fonctionnement est défini par le ministre.