Après consultation du collège des parlementaires, le collège d'experts arrête chaque année, de manière indépendante, le programme de travail de la commission. Ce programme est assorti, à titre indicatif, d'une programmation triennale. Il tient compte du cadre de résultats défini dans le rapport annexé à la loi du 4 août 2021 susvisée.
Les évaluations sont pilotées par les membres du collège d'experts et leur réalisation est coordonnée par le secrétariat de la commission, avec l'appui, le cas échéant, de rapporteurs. Les deux collèges peuvent formuler des recommandations, qui sont jointes au rapport final d'évaluation.