L'Académie est dirigée par un directeur placé sous l'autorité du directeur général de l'administration et de la modernisation. Il est assisté d'un adjoint.
Le directeur a la qualité de chef de service. Il exerce son autorité sur l'ensemble des personnels de l'Académie.
Le directeur élabore chaque année les orientations budgétaires générales de l'Académie qui sont validées en conseil d'orientation stratégique et les met en œuvre.