L'unité nationale cyber est composée :

- d'un état-major ;
- d'une division de la proximité numérique ;
- d'une division des opérations ;
- d'une division technique.

Dans le respect des attributions de chacun des échelons de commandement, l'unité nationale cyber exerce une autorité fonctionnelle sur l'ensemble des unités spécialisées de lutte contre les cybermenaces de la gendarmerie. En particulier, elle est chargée de la coordination de l'action des antennes du centre de lutte contre les criminalités numériques, créées au sein d'unités de police judiciaire de la gendarmerie nationale.