Sont reconnues représentatives dans la branche des coopératives agricoles laitières (IDCC n° 7004) et des coopératives fruitières fromagères des départements de l'Ain, du Doubs et du Jura (IDCC n° 8435) les organisations syndicales suivantes :

- La Confédération française démocratique du travail (CFDT) ;
- La Confédération générale du travail (CGT) ;
- La Confédération française de l'encadrement-Confédération générale des cadres (CFE-CGC) ;
- La Confédération générale du travail-Force ouvrière (CGT-FO).