Le site prend le nom de « Vallées du Drugeon et du Haut-Doubs ».
Les 15 cartes au 1/25 000 et la carte d'assemblage au 1/120 000 annexées au présent arrêté abrogent et remplacent les cartes annexées à l'arrêté du 23 décembre 2003 modifié portant désignation du site Natura 2000 « Bassin du Drugeon » (zone de protection spéciale) FR4310112. L'espace ainsi délimité s'étend :
Dans le département du Doubs :

- sur une partie du territoire des communes suivantes : Bannans, Bonnevaux, Boujailles, Bouverans, Bulle, Chaffois, Cluse-et-Mijoux, Dompierre-les-Tilleuls, Fourgs, Frasne, Granges-Narboz, Grangettes, Houtaud, Malpas, Oye-et-Pallet, Planée, Rivière-Drugeon, Sainte-Colombe, Vaux-et-Chantegrue, Verrières-de-Joux.

Dans le département du Jura :

- sur une partie du territoire des communes suivantes : Bief-du-Fourg, Mignovillard.