Le service national de police scientifique comprend une direction, des délégations zonales implantées dans chaque zone de défense ainsi que les laboratoires de police scientifique de Lille, Lyon, Marseille, Paris et Toulouse.
La direction comprend :

- un état-Major ;
- un secrétariat général ;
- une sous-direction de la stratégie, de l'innovation et du pilotage ;
- une sous-direction de la criminalistique ;
- une sous-direction des systèmes d'information et de la biométrie.