Le registre national électronique a pour finalité principale d'assurer le suivi des patients inclus dans l'expérimentation, notamment la sécurisation du circuit du médicament, la pharmacovigilance, l'addictovigilance ainsi que le suivi de l'expérimentation à des fins d'études et d'analyses complémentaires.
A cette fin, le directeur général de l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé analyse les données recueillies dans le registre.
Ce registre a également pour finalité de permettre l'indemnisation des pharmaciens volontaires dans le cadre de cette expérimentation.