Les étudiants accomplissent des stages tout au long de la formation de troisième cycle long. Conformément à l'article D. 633-15 du code de l'éducation, les stages ont une durée d'un semestre. La formation en stage est accomplie dans des lieux de stage agréés en milieu hospitalier ou extrahospitalier, ou au sein de structures qui sont liées par convention avec un centre hospitalier universitaire. Dans le cadre de leur activité en stage, pour toute la durée du stage et pour toute activité réalisée sur le lieu de stage, les étudiants ne peuvent percevoir de rémunération ni du ou des responsables pharmaceutiques et pédagogiques, ni des patients.