Le Haut Conseil de la santé publique comprend, outre le collège mentionné à l'article R. 1411-46 du code de la santé publique, quatre commissions spécialisées :

- la commission spécialisée « maladies infectieuses et maladies émergentes » ;
- la commission spécialisée « maladies chroniques » ;
- la commission spécialisée « risques liés à l'environnement » ;
- la commission spécialisée « système de santé et sécurité des patients ».