Est désigné sous l'appellation « site Natura 2000 vallées de la Loue et du Lison » (zone spéciale de conservation FR 4301291) l'espace délimité sur la carte d'assemblage au 1/120 000 et les 13 cartes au 1/25 000 ci-jointes, qui s'étend dans les départements du Doubs et du Jura, sur tout ou partie du territoire des communes suivantes :
Dans le département du Doubs :

- sur une partie du territoire des communes suivantes : Amancey, Amondans, Arc-et-Senans, Arc-sous-Cicon, Athose, Aubonne, Bartherans, Bonnevaux-le-Prieuré, Brères, Buffard, Busy, Cessey, Chantrans, Charbonnières-les-Sapins, Charnay, Chassagne-Saint-Denis, Châteauvieux-les-Fossés, Châtillon-sur-Lison, Chay, Chenecey-Buillon, Chouzelot, Cléron, Courcelles, Crouzet-Migette, Cussey-sur-Lison, Durnes, Echay, Echevannes, Epeugney, Eternoz, Fertans, Flagey, Foucherans, Goux-sous-Landet, Guyans-Durnes, Hautepierre-le-Châtelet, Lavans-Quingey, Lavans-Vuillafans, Liesle, Lizine, Lods, Lombard, Longeville, Malans, Malbrans, Montgesoye, Montmahoux, Mouthier-Haute-Pierre, Myon, Nans-sous-Sainte-Anne, Ornans, Ouhans, Palantine, Pessans, Quingey, Rennes-sur-Loue, Renédale, Rouhe, Rurey, Sainte-Anne, Saraz, Saules, Scey-Maisières, Silley-Amancey, Tarcenay, Villeneuve-d'Amont, Vorges-les-Pins, Vuillafans ;
- sur la totalité du territoire des communes suivantes : Cademène, Mesmay.

Dans le département du Jura :

- sur une partie du territoire des communes suivantes : Cramans, Dournon, Geraise, Grange-de-Vaivre, Port-Lesney.
- sur la totalité du territoire de la commune suivante : Champagne-sur-Loue.