Un conseil scientifique assiste le conseil de gestion en formulant notamment des recommandations sur l'orientation générale du fonds, sur la méthodologie d'évaluation et sur les propositions de programmes expérimentaux.
Il remet chaque année un rapport annuel au conseil de gestion. Son secrétariat est assuré par la direction de la jeunesse, de l'éducation populaire et de la vie associative.
Il comprend dix personnalités qualifiées, notamment dans le domaine de la recherche, en matière d'éducation, de jeunesse, de formation, d'insertion des jeunes et d'expérimentations sociales.
Un président nommé par le ministre chargé de la jeunesse est choisi parmi celles-ci.
La composition du conseil scientifique est fixée par arrêté du ministre chargé de la jeunesse.
Le conseil scientifique se réunit, sur convocation du président du conseil de gestion, au moins quatre fois par an.
Les délibérations du conseil scientifique sont adoptées à la majorité simple des suffrages exprimés. En cas de partage, la voix du président est prépondérante.