Le bureau du Conseil général de l'environnement et du développement durable comprend le vice-président, le vice-président délégué à l'autorité environnementale, les présidents de section et le président de la commission permanente des ressources naturelles.
Le ministre de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de l'aménagement du territoire nomme un président de section en qualité de secrétaire général du conseil.