Si le déclarant veut obtenir la modification de certaines des prescriptions applicables aux travaux, il en fait la demande au préfet, qui statue par arrêté conformément à l'article R. 214-39 du code de l'environnement, dans le respect des principes de gestion équilibrée de la ressource en eau mentionnée à l'article L. 211-1 du code de l'environnement.
De même, à la demande du bénéficiaire de l'autorisation, le préfet peut prendre des prescriptions complémentaires ou atténuer celles des prescriptions primitives dont le maintien n'est plus justifié par arrêté, conformément à l'article R. 214-17 du code de l'environnement.