L'entreposage des déchets et matières entrants doit se faire de manière séparée de celui des composts et déchets stabilisés, selon leur nature, sur les aires identifiées réservées à cet effet. Les produits finis et déchets destinés à un retour au sol doivent être stockés par lots afin d'en assurer la traçabilité.
Tout entreposage à l'air libre de matières pulvérulentes, très odorantes ou fortement évolutives est interdit.