Le contrôleur peut mettre en place et communiquer à l'établissement un programme annuel de vérification a posteriori de sa gestion administrative et budgétaire. Indépendamment de ce programme, il peut à tout moment procéder à la vérification a posteriori d'un acte particulier.
L'établissement est tenu de communiquer, à la demande du contrôleur, tous les documents nécessaires au bon accomplissement d'une vérification a posteriori.
Le contrôleur contribue, par ses analyses, à l'évaluation de la politique d'indemnisation. Le contrôleur s'assure de la mise en place d'outils de contrôle interne.