Le secrétaire général de l'inspection du travail des transports assiste l'inspecteur général du travail des transports pour l'organisation du service de l'inspection du travail des transports. Il veille à l'allocation des moyens et à leur utilisation optimale. Il concourt à l'évaluation de la politique sociale dans le secteur des transports. Il participe aux études et à l'élaboration des méthodes de fonctionnement des services déconcentrés.
Il organise l'appui juridique et technique des services déconcentrés.