L'autorité chargée du contrôle financier sur l'Etablissement public du musée national Jean-Jacques Henner, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de l'établissement. Elle contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté. A cette fin, elle s'appuie sur une analyse des risques et de la performance.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'Etablissement public du musée national Jean-Jacques Henner, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.