L'Agence nationale pour l'amélioration des conditions de travail est administrée par un conseil d'administration qui comprend en nombre égal :
1° Des représentants des organisations d'employeurs représentatives au niveau national ;
2° Des représentants des organisations syndicales de salariés représentatives au niveau national ;
3° Des représentants des ministres intéressés et de personnes qualifiées.
En outre, participent au conseil d'administration, à titre consultatif, un représentant de chacune des commissions chargées des affaires sociales au Parlement, ainsi qu'un représentant de la section chargée des affaires sociales au Conseil économique et social.