Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire général dispose d'un secrétariat général qu'il dirige. Il est assisté d'un adjoint, directeur, qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.
Le secrétaire général ou son adjoint peut présider, en qualité de représentant du ministre, le comité technique paritaire ministériel.
Il préside le comité des directeurs qui réunit périodiquement les directeurs généraux et directeurs du ministère.
Il représente, dans ses domaines de compétence, le ministère dans les instances interministérielles.