La direction de l'Etablissement national des invalides de la marine comprend :
- le secrétariat général du Conseil supérieur de l'Etablissement national des invalides de la marine ;
- la sous-direction de la sécurité sociale des marins ;
- la sous-direction du personnel, de la modernisation et du pilotage des services ;
- l'agence financière et comptable ;
- le service du contrôle médical.
Le directeur de l'Etablissement national des invalides de la marine est assisté d'un directeur adjoint.