Le bureau des affaires médicales, dirigé par le médecin-chef de la direction générale de l'aviation civile, est chargé de la coordination et de l'organisation générale des différents services médicaux en matière de médecine de prévention, de médecine d'aptitude au contrôle de la navigation aérienne et de médecine statutaire. Il assure le secrétariat des comités médicaux centraux existant dans ces domaines.