Le secrétariat de la commission est assuré par la délégation interministérielle à l'aménagement et à la compétitivité des territoires. A ce titre, le secrétariat est chargé notamment de la détermination et l'information des porteurs de projets « Industrie et services » quant à l'éligibilité de leurs programmes et à la date de prise en compte de début des travaux.
Le secrétariat général rédige et communique, en début d'année pour l'année précédente, à l'ensemble des membres de la commission, un rapport sur le bilan d'activité de l'exercice clôturé ainsi qu'un bilan économique et financier sur l'exécution des programmations antérieures.