La direction de l'administration pénitentiaire comprend :
- le département de l'état-major de sécurité ;
- la sous-direction des personnes placées sous main de justice ;
- la sous-direction de l'organisation et du fonctionnement des services déconcentrés ;
- la sous-direction des ressources humaines et des relations sociales ;
- le service de la communication et des relations internationales ;
- l'inspection des services pénitentiaires.