Il est constitué pour une durée de cinq ans, auprès du ministre chargé de la santé, un comité de pilotage du programme national nutrition santé. Le comité oriente la mise en oeuvre des actions contribuant au développement de ce programme dans le cadre des orientations stratégiques définies par le Comité national de santé publique institué à l'article L. 1413-1 du code de la santé publique.
Le comité de pilotage assure la concertation et le dialogue entre les pouvoirs publics, les acteurs économiques et les associations intervenant dans le domaine de la nutrition.