L'instruction des demandes de subvention est effectuée sous l'autorité du préfet de département (DDAF ou DDEA).
Le Centre national d'aménagement des structures d'exploitations agricoles (CNASEA) est l'organisme responsable du paiement.
L'Office national interprofessionnel de l'élevage et de ses productions est désigné instance de concertation avec les professionnels.