Le dossier de demande est instruit par la DRIRE-pilote qui procède à un audit de l'organisme.
A l'issue de cette instruction, le préfet compétent prononce l'agrément du demandeur ou motive son refus. La validité de la décision d'agrément est de quatre ans, période à l'issue de laquelle l'agrément est renouvelé. Cette décision d'agrément vaut pour tout le territoire national.
Le bénéficiaire d'un agrément informe les autres directions régionales de l'industrie, de la recherche et de l'environnement s'il souhaite avoir des activités dans leur région. Il leur communique également tous les éléments identifiés par la DRIRE-pilote, nécessaires à une bonne surveillance de l'organisme.
Le titulaire d'un agrément doit informer sans délai la DRIRE-pilote de toute modification intervenue dans les éléments de son dossier d'agrément. Celle-ci peut décider de procéder à un audit exceptionnel pour examiner si les conditions ayant présidé à l'agrément de l'organisme sont toujours respectées.