Le paiement des aides est assuré par le Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles (CNASEA).
Le versement des aides est annuel en application du règlement (CE) n° 1257/1999 du 17 mai 1999. Il s'effectue sur présentation des pièces justificatives demandées.
Toutes les pièces justificatives doivent être transmises dès le départ du troupeau des communes situées à l'intérieur des premier et deuxième cercles et au plus tard le 31 décembre de l'année de l'engagement ou de la confirmation annuelle d'engagement.