Le ministre de la défense fixe annuellement les objectifs de la politique ministérielle de l'innovation et de la recherche scientifique et technique. A cette fin, il s'appuie sur le comité de pilotage de l'innovation de la défense.
Présidé par le délégué général pour l'armement et réunissant les représentants des états-majors, directions et services, le comité de pilotage oriente l'activité de l'agence de l'innovation de défense et propose les objectifs ministériels de l'innovation et de la recherche scientifique et technique.
Sa composition et son fonctionnement sont précisés par arrêté du ministre de la défense.