L'intégralité des compétences, biens, moyens, droits et obligations de l'Etablissement français des greffes sont transférés à l'Agence de la biomédecine à la date de publication du décret nommant son directeur général. Jusqu'à la première réunion du conseil d'administration de l'Agence de la biomédecine, le directeur général de l'agence est autorisé à exécuter le budget de l'agence tel qu'il a été adopté par le conseil d'administration de l'Etablissement français des greffes en application du III de l'article 2 de la loi n° 2004-800 du 6 août 2004 relative à la bioéthique.
Les instances délibératives et consultatives de l'Etablissement français des greffes demeurent en fonction jusqu'à la constitution des instances délibératives et consultatives de l'Agence de la biomédecine.