Le salarié, comme l'employeur, s'il est en désaccord avec l'appréciation portée par le médecin agréé ou le psychologue agréé et chargé de la vérification de l'aptitude sécurité, peut exercer un droit de recours.

Les recours portant sur l'aptitude physique et/ou psychologique des personnels de conduite s'exercent auprès de la commission ferroviaire d'aptitudes (CFA), dans un délai de 2 mois à compter de la date où les certificats d'aptitude physique et/ou certificats d'aptitude psychologique ont été notifiés.

Pour optimiser l'accompagnement des salariés, ceux-ci sont invités à informer leur employeur du recours qu'ils exercent devant la CFA.

S'il existe un désaccord sur l'avis d'inaptitude délivré par le médecin du travail le salarié, comme l'employeur, doit exercer le recours prévu par l'article L. 4624-7 du code du travail auprès du conseil de prud'hommes compétent, dans les 15 jours suivant la notification de l'avis.